Paisaje de Microbiodiversidad del Río Apatlaco

Datos del proyecto

El Paisaje de Microbiodiversidad del Río Apatlaco constituye una aproximación descriptiva de la composición microbiológica de una de las microcuencas más representativas del estado de Morelos. Pretende democratizar el acceso a la información respecto a las actividades científicas que desarrollan los investigadores, como parte del enfrentamiento a la crisis de los recursos hídricos, como son la contaminación antropogénica y la pérdida de biodiversidad. El contenido de la web reposa a la sombre del proyecto: Descifrando nuevos paisajes de microbiodiversidad a nivel de especie, por deconvolución metagenómica de mapas de probabilidad de contacto a nivel de cromatina. Perteneciente al Convocatoria Ciencia de Frontera -2019-, bajo el Programa Presupuestario F003 del Consejo Nacional de Humanidades Ciencia y Tecnología (CONAHCYT). Su ejecución fue impulsada por investigadores y estudiantes en el Instituto de Biotecnología de la Universidad Nacional Autónoma de México (IBT-UNAM) entre los años 2020-2023. Esta descripción está integrada por cinco elementos que hemos considerado fundamentales para contribuir al conocimiento del estado de la cuenca: Taxonomía, Especies Relevantes y su Diversidad, Genomas, Características Físico-Químicas y Especies con Potencial Infectocontagioso. Conjeturamos que este trabajo permitirá conocer cómo se estructuran las poblaciones microbianas dentro del río bajo presión ambiental, e identificar probables especies asociadas a la contaminación e inferir sus orígenes, así como proponer alternativas de tratamiento.

Imagen del río Apatlaco

Publicaciones

Sánchez-Reyes, A., et al., (2022). Hi-C deconvolution of a textile dye-related microbiome reveals novel taxonomic landscapes and links phenotypic potential to individual genomes. International Microbiology, 25, 99-110.

Sánchez-Reyes, A., Fernandez-Lopez,M.G. (2022). Sketched reference databases for genome-based taxonomy and comparative genomics [Bases de dados de referencia esbosados para taxonomia baseada em genoma e genomica comparativa]. Brazilian Journal of Biology, 84, e256673.

Sánchez-Salazar, et al., (2022). Draft Genome Sequence of Methanobacterium paludis IBT-C12, Recovered from Sediments of the Apatlaco River, Mexico. Microbiology Resource Announcements, 11 (2), e0090621.

Breton-Deval, L., et al., (2020). Functional Analysis of a Polluted River Microbiome Reveals a Metabolic Potential for Bioremediation. Microorganisms, 8 (4), 554.

Sánchez-Reyes, A., et al., (2020). Draft genome sequence of "Candidatus Afipia apatlaquensis" sp. nov., IBT-C3, a potential strain for decolorization of textile dyes. BMC Research Notes, 13 (1), 265.

Breton-Deval, L., et al., (2019). Integrative study of microbial community dynamics and water quality along The Apatlaco River. Environmental Pollution, 255, 113158.

Sánchez-Reyes, A. (2021). The biodegrading functions of microbial communities in polluted freshwaters. Research Outreach. DOI: 10.32907/RO-126-1839231224

Tesis

Hernandez Jaimes, Lizbeth (2022). Reconstrucción de la microbiodiversidad asociada a sedimentos contaminados por la actividad antropogénica en la cuenca del río Apatlaco. Instituto de Investigacion de Ciencias Basicas y Aplicadas, Licenciatura en Ciencias, UAEM.

Desarrollo de Software y Bases de Datos:

1. Bases de datos de referencia para taxogenómica microbiana:

https://github.com/ayixon/Mash-sketched-reference-databases
Imagen de github

2. RaPDTool: Una multiplataforma para análisis rápido de metagenomas:

https://github.com/ayixon/RaPDTool
Imagen de diagrama